Albator est le seul homme à oser défier la Coalition corrompue de Gaia qui vise à dominer l'univers. Cherchant à se venger contre ceux qui fait du tort, le pirate de l'espace mystérieux parcourt l'univers dans son croiseur de bataille, l'Arcadia à la recherche de navires ennemis à piller. Ezra, le chef de la flotte Gaia, envoie son jeune frère Logan s'infiltrer sur l'Arcadia avec pour mission d'en assassiner le capitaine. Mais Logan va bientôt découvrir que les choses ne sont pas toujours ce qu'elles semblent être, et que les légendes ne naissent pas sans raison.