L'histoire se déroule un an après les évènements de Batman: Arkham City. Le jeu propose une ville de Gotham plus grande que celle vue dans l'épisode précédent. La Batmobile est jouable pour la première fois dans la série. Dans cet opus, Batman doit faire face à l'Épouvantail, au Pingouin, à Double-Face, Harley Quinn et à un tout nouveau personnage inédit, l'Arkham Knight.